Микоплазма гениталиум после Вильпрафена остается достаточно часто, так как всё чаще встречаются случаи антибиотикорезистентности. Пациенту требуется обследование для выявления сопутствующей флоры, поэтому проводится бак посев. Иногда другие бактерии разрушают антибиотики и снижают эффективность лечения микоплазмоза.
Для лечения применяется другой антибактериальный препарат, а иногда сразу два антибиотика. Препараты для этиотропной терапии сочетают с ферментами, иммуномодуляторами, инстилляциями уретры.